A adaptação do livro homônimo de Ramson Riggs acompanha o adolescente Jacob (Asa Butterfield) que cresceu ouvindo histórias sobre os estranhos residentes de um orfanato. Quando seu avô morre, Jacob decide fazer uma viagem para uma estranha ilha na costa do país de Gales. Lá ele descobre que o orfanato da Srta. Peregrine (Eva Green) ainda existe e que seus residentes podem não ter ido embora – mas agora são ameaçados por forças obscuras.